برابر ماده ۶ آيين نامه كرسي هاي آزادانديشي در دانشگاه ها و موسسات آموزش عالي، هيات موسسه يا هيات‌ دانشگاه يا موسسات آموزش عالي در اين مراكز  مطابق آيين نامه‌ي ابلاغي در دانشگاه ها و مراكز آموزش عالي تشكيل مي‌گردد. تركيب و شرح وظايف اين هيات ها  به شرح ذير است:

الف: ترکیب هیأت موسسه:

الف) رئيس مؤسسه به عنوان رئيس هيأت

ب) معاون فرهنگی و اجتماعي موسسه به عنوان نايب رئیس هیأت

ج) مسئول نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در مؤسسه و یا نماینده تام‌الاختیار وی

د) مسئول يا نماينده بسيج دانشجويي مؤسسه

ه) مسئول يا نماينده بسيج اساتيد مؤسسه

و) يك نفر دانشجوي عضو شوراي مركزي يكي از تشكل‌هاي اسلامي دانشجويي مؤسسه با معرفي بزرگترين تشكل‌ اسلامي دانشجويي مؤسسه

و) يك نفر دانشجو از بين دانشجويان فعال فرهنگي انجمن‌هاي علمي يا نشريات دانشجويي يا كانون‌هاي فرهنگي و هنري با حكم رئيس هيأت

ز) دو نفر از اعضای هیأت علمی مؤسسه از ميان دارندگان بالاترين امتياز فرهنگي (ماده يك آيين‌نامه ارتقاء) با حكم رئیس هیأت

تبصره ۱ـ در مؤسساتي كه معاون فرهنگي و اجتماعي ندارد، معاون دانشجويي و فرهنگي يا عناوين مشابه عهده‌دار نيابت رئيس هيات خواهد بود.

تبصره۲ – احکام عضویت هر یک از افراد عضو هیأت، توسط رئیس مؤسسه صادر می‌شود.

تبصره۳- در مؤسسات فاقد دفتر نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري، يك نفر توسط مسئول دفتر استاني نهاد مذكورمعرفي مي‌شود.

تبصره۴ـ مؤسساتي كه تشكل دانشجويي ندارند، دو دانشجو از ميان فعالان فرهنگي مؤسسه و با حكم رئيس هيأت انتخاب مي‌شوند.

تبصره۵- رئيس هيأت مي‌تواند يك نفر حقوقدان با اولويت انتخاب از ميان اعضاي هيأت علمي مؤسسه را عنداللزوم و بدون حق رأي در جلسات دعوت نمايد.

تبصره۶- در مراكز و واحدهاي دانشگاه هاي پيام نور، علمي و كاربردي، فني و حرفه‌اي و مؤسسات آموزش‌عالي غيرانتفاعي و مجتمع‌هاي آموزش‌عالي، شوراي فرهنگي مربوط، مسئوليت هيأت را به عهده مي‌گيرد.

تبصره۷- دبير هيأت موسسه به پيشنهاد معاون فرهنگي و اجتماعي و با حكم رئيس موسسه منصوب مي‌گردد. و دبيرخانه هيأت، زير نظر معاون فرهنگي و اجتماعي فعاليت خواهد نمود.

ب: وظایف هیأت موسسه:

الف: برنامه‌ریزی به منظور تشکیل منظم و قانون‌مند کرسی‌‌ها

ب: بررسی و اعلام نظر در مورد درخواست برگزاري كرسي‌ها

ج: نظارت بر روند برگزاري کرسی‌‌ها

د: تاييد يا تعيين داور كرسي‌ها در چارچوب آيين‌نامه

ه: تأييد يا تعيين منتقدين موضوع كرسي‌ها در چارچوب آيين‌نامه از حيث نصاب و توازن علمي كرسي‌ها

و: ارزیابی و رتبه‌بندي کرسی‌های برگزار شده.

ز: رسيدگي به شكايات و گزارش‌هاي رسيده در مورد تخلفات

ح: تأسيس، تجهيز و نظارت بر اداره باشگاه آزاد انديشي مؤسسه.

تبصره۱- دبير هيأت موظف است نسبت به ارزيابي كرسي‌ها (بر اساس فرم پيوست شماره ۲و۳) اقدام و جمع‌بندي آن را به صورت فصلي به شوراي فرهنگي مؤسسه و هيأت مركزي ارسال نمايد.

تبصره۲ـ تصميم‌گيري در مورد دعوت از سخنران خارج از دانشگاه منوط به پيشنهاد هيأت نظارت بر تشكل‌هاي اسلامي دانشگاهيان خواهد بود.