برابر ماده ۶ آیین نامه کرسی های آزاداندیشی در دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی، هیات موسسه یا هیات دانشگاه یا موسسات آموزش عالی در این مراکز مطابق آیین نامه‌ی ابلاغی در دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی تشکیل می‌گردد. ترکیب و شرح وظایف این هیات ها به شرح ذیر است:
الف: ترکیب هیأت موسسه:
الف) رئیس مؤسسه به عنوان رئیس هیأت
ب) معاون فرهنگی و اجتماعی موسسه به عنوان نایب رئیس هیأت
ج) مسئول نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در مؤسسه و یا نماینده تام‌الاختیار وی
د) مسئول یا نماینده بسیج دانشجویی مؤسسه
ه) مسئول یا نماینده بسیج اساتید مؤسسه
و) یک نفر دانشجوی عضو شورای مرکزی یکی از تشکل‌های اسلامی دانشجویی مؤسسه با معرفی بزرگترین تشکل اسلامی دانشجویی مؤسسه
و) یک نفر دانشجو از بین دانشجویان فعال فرهنگی انجمن‌های علمی یا نشریات دانشجویی یا کانون‌های فرهنگی و هنری با حکم رئیس هیأت
ز) دو نفر از اعضای هیأت علمی مؤسسه از میان دارندگان بالاترین امتیاز فرهنگی (ماده یک آیین‌نامه ارتقاء) با حکم رئیس هیأت
تبصره ۱ـ در مؤسساتی که معاون فرهنگی و اجتماعی ندارد، معاون دانشجویی و فرهنگی یا عناوین مشابه عهده‌دار نیابت رئیس هیات خواهد بود.
تبصره۲ – احکام عضویت هر یک از افراد عضو هیأت، توسط رئیس مؤسسه صادر می‌شود.
تبصره۳- در مؤسسات فاقد دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری، یک نفر توسط مسئول دفتر استانی نهاد مذکورمعرفی می‌شود.
تبصره۴ـ مؤسساتی که تشکل دانشجویی ندارند، دو دانشجو از میان فعالان فرهنگی مؤسسه و با حکم رئیس هیأت انتخاب می‌شوند.
تبصره۵- رئیس هیأت می‌تواند یک نفر حقوقدان با اولویت انتخاب از میان اعضای هیأت علمی مؤسسه را عنداللزوم و بدون حق رأی در جلسات دعوت نماید.
تبصره۶- در مراکز و واحدهای دانشگاه های پیام نور، علمی و کاربردی، فنی و حرفه‌ای و مؤسسات آموزش‌عالی غیرانتفاعی و مجتمع‌های آموزش‌عالی، شورای فرهنگی مربوط، مسئولیت هیأت را به عهده می‌گیرد.
تبصره۷- دبیر هیأت موسسه به پیشنهاد معاون فرهنگی و اجتماعی و با حکم رئیس موسسه منصوب می‌گردد. و دبیرخانه هیأت، زیر نظر معاون فرهنگی و اجتماعی فعالیت خواهد نمود.
ب: وظایف هیأت موسسه:
الف: برنامه‌ریزی به منظور تشکیل منظم و قانون‌مند کرسیها
ب: بررسی و اعلام نظر در مورد درخواست برگزاری کرسیها
ج: نظارت بر روند برگزاری کرسیها
د: تایید یا تعیین داور کرسیها در چارچوب آیین‌نامه
ه: تأیید یا تعیین منتقدین موضوع کرسیها در چارچوب آیین‌نامه از حیث نصاب و توازن علمی کرسیها
و: ارزیابی و رتبه‌بندی کرسی‌های برگزار شده.
ز: رسیدگی به شکایات و گزارش‌های رسیده در مورد تخلفات
ح: تأسیس، تجهیز و نظارت بر اداره باشگاه آزاد اندیشی مؤسسه.
تبصره۱- دبیر هیأت موظف است نسبت به ارزیابی کرسیها (بر اساس فرم پیوست شماره ۲و۳) اقدام و جمع‌بندی آن را به صورت فصلی به شورای فرهنگی مؤسسه و هیأت مرکزی ارسال نماید.
تبصره۲ـ تصمیم‌گیری در مورد دعوت از سخنران خارج از دانشگاه منوط به پیشنهاد هیأت نظارت بر تشکل‌های اسلامی دانشگاهیان خواهد بود.